genshi.ro 冷たいことにはわけがある

1611月/130

ggplot2のレジェンドをguidesで少しだけ改造

Posted by genshiro

ggplot2の備忘録。
Rにて数万というサンプルを散布図にするとレジェンドを書き換えたくなることがある。

サンプルデータを用意する。
PNGに保存するときはコメントアウトを外してください。

 

まずは普通に描画。

sample1 

点がでかすぎるので小さく。

sample2 

色がこすぎるので透過に。

sample3 

レジェンドが見えなくなっているのでguidesでデフォルトを上書きする。

sample4
詳しい使い方はSet guides for each scale.を参照してください。

Tagged as: , No Comments
711月/130

Rとggplotでダブルプロットを作る

Posted by genshiro

めちゃくちゃ久しぶりに備忘録。
Rにてダブルプロット。
ggplot2のgeom_rasterを使ってる。

こんなかんじ。

サンプルデータをかってにつくって、表示してみる。

doublePlot

Tagged as: , No Comments
106月/120

rglパッケージで3D散布図&アニメーションをかく

Posted by genshiro

久しぶりに備忘録。少し手を焼いたので。
Rで3D散布図。
rglパッケージは普通にインストール。
まずはデータ読み込み。ggplot2のmsleepデータセットを用いる。

plot3dコマンドで散布図作製。マウスでグリグリ動かすこともできる。

さらにグリグリうごかしている様子をアニメーションとして保存したい場合は、ImageMagickをインストールしておいて:

NREMとREMとAWAKEの合計時間は24時かんなので見事に1つの平面にのっていますねw

open3dで作ったウィンドウを消すには:

Tagged as: , No Comments
19月/110

TextmateにRのbundleいれた。MacBook Airにて。

Posted by genshiro

S◯NYとの交渉がすっきりおわってからMBAをセットアップし始めた。生まれて初めてMacをさわる僕にとって何もかもが新しいわけだが、Windowsから移ってくる僕と同じような境遇の人達のためにも、自分のためにも、いくつかメモ。

最終的に何を入れたかはいつかアップするとして、最初に大きくつまずいたTextMateのbundleインストールについて備忘録。

TextMateのマニュアルの「5.7 Getting More Bundles」をみながら。

最初にsubversionのインストール。Xcodeをインストールしたためかすでに入っている。

~/.bash_profileに次の1行を追加:

ここが一番なやんだ。そもそも.bash_profileがどこにあるかわからなかった。そもそもそもそもこの段階では存在しないことも知らなかった。こちらをよみつつなんとか.bash_profileを作成。

一度bashを再起動して、次のコマンドを入力。


これで無事にTextMateでRスクリプトにも色がつくようになりました。

Tagged as: , , No Comments
238月/110

ggplot2でformatterを用いて軸ラベルを整形する

Posted by genshiro

これも備忘録。いつも忘れてしまう。
 
まずはデフォルトのグラフ表示。


 

桁数を増やす。


 

Scientific表示。


 

組み込みのpercentもある。

Tagged as: , No Comments
228月/110

ggplot2でviewportを用いて1枚の画像に複数のplotを配置する

Posted by genshiro

毎回ggplotで複数のグラフを1枚の画像に収めるときに調べてる気がするので備忘録的にアップ。リゲス本を参照。

 

Source code:

 

 

Cascading plots by viewport function under ggplot



 

Rの基礎とプログラミング技法 

Rの基礎とプログラミング技法

Tagged as: , No Comments
77月/110

クマだって冬眠してるもん。

Posted by genshiro

2011年に発表された次の論文を紹介します。

Science. 2011 Feb 18;331(6019):906-9.
Hibernation in black bears: independence of metabolic suppression from body temperature.
Tøien Ø, Blake J, Edgar DM, Grahn DA, Heller HC, Barnes BM.

要点は

  • 冬眠中のクマ(アメリカグマ; Ursus americanus)の体温酸素消費量を計測した。
  • 冬眠中のクマの体温は30°C程度の低下しかしないが、代謝は基礎代謝の25%程度まで低下しており、温度の低下による代謝低下だけでは説明ができないため、クマは能動的に代謝を下げている(=代謝抑制; metabolic suppression)
  • 冬眠から覚醒して3週間程度は基礎代謝の半分程度(!)の代謝で活動している。

冬眠(hibernation)とは恒温動物が長期間にわたって能動的に代謝をさげることをいいます。多くの冬眠動物は冬期1に数カ月にわたって低代謝状態が続き、動かなくなり2、この間の体温は環境温よりもほんの少し高い程度で、中には氷点下まで下がってしまう動物もいます。クマも冬眠っぽい行動を取ることは知られていましたが、体温がせいぜい30度程度までしか下がらず、本当に冬眠なのか?という疑問がもたれていました。今回、Tøien、Barnesらによってクマだって冬眠してるもんという証拠が初めて世に示されたのです。

冬眠中の動物の代謝は酸素消費量で間接的に計測されます。温度が低下すると全ての化学反応の速度は低下しますが、冬眠中の動物は体温が低下しているため、低下した温度の分だけ化学反応が遅くなり酸素消費量が低下します。ところが、冬眠中の動物の多くは温度低下に伴う代謝低下に加えてさらなる酸素消費量の低下を認めるのです。すなわち、実際に必要としている代謝、言い換えると生体を維持するのに必要なエネルギー量を何かしらの方法で減らしているのです。冬眠中に体温があまり低下しないクマは能動的な代謝抑制すなわち必要なエネルギーが低下しているかが大きな謎でした。単純に体温が落ちて代謝が落ちているだけではないのか3、疑われていたのです。

今回の論文で冬眠中のクマにおいても体温の低下だけでは説明ができない酸素消費量の低下が確認されました。つまり、体温が下がって受動的に代謝が落ちているだけではなく、エネルギーのneedsもさがっているのだ、ということがはっきりしたわけです。実はこのことは冬眠を臨床応用する際には非常に大きなポイントになってきます。

現在、行われている「低体温療法」(頭部外傷の治療など)は純粋に化学反応を遅くしているだけですが、理想的には組織や細胞が必要とする酸素消費量を安全に下げる「低代謝療法」が目的です。冬眠の能動的な低代謝機構が臨床的に注目を浴びているのは、動物が(まさに今回のクマが行っているように)体が必要としているエネルギー量を低下させており、冬眠期間が終わると何事もなかったかのように恒温状態にもどるからです。

また、今回のクマ冬眠の報告は、実はヒトより大きな動物で能動的に代謝を落としていることを示した初めての例だと思います。ヒトで冬眠ができない理由として、すくなくとも体重が重いことはいいわけにできないことが示されたと言えるでしょう。個人的には冬眠の臨床応用を考える上で勇気の湧いてくる論文となりました。

---

  1. 実は「冬」眠というものの夏に同様の状態になる生物も確認されています。
  2. 全く動かないわけではありません。たとえば心臓は動いていますし、呼吸も行います。ただし、どちらの機能も著しく低下しています。というより必要なエネルギーが非冬眠時と比べて少ないというほうが正しい。
  3. それはそれですごいことなのですが。
272月/111

新門司→神戸(阪九フェリー)を携帯のGPSで記録してみた。

Posted by genshiro

今年の2月に阪九フェリーで神戸~新門司間を往復したのだがXperiaのGPSを使って航路を記録してみた。
使ったソフトはAndroid用のMy Tracks
走らせておくとGPSを情報を定期的に記録してくれて様々なstatsを表示してくれるアプリで、いつもは自転車にのるときに使っている。

往路は途中で電池が切れたりGPS受信がイマイチで記録できなかったので、帰路は電源つないで窓際においてバッチリ記録。
瀬戸内海は実はたくさん島があることに驚かされた。
しかも地図の上では陸と結構すれすれの位置を通過していることがわかる。こわ。


View 瀬戸内海航路 in a larger map

Tagged as: 1 Comment