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Books

Dr.Bonoの生命科学データ解析

オミックスデータの解析を主軸とした共同研究がいくつか走り出したので、生命科学のビッグデータに真正面から向き合う必要が生じました。たまたま1ヶ月前くらいに坊農さんの新しい本が上梓されていて、その内容が今の自分にぴったりすぎて、嬉しくてこの記事...
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Rにインストールしてるパッケージ

Rを3.3にあげたらパッケージを全部入れ直しになったので備忘録的にコードをかいておく。
Books

久保拓弥さんの緑本

4月にラボをうつってから読み始めた久保拓弥さんの「データ解析のための統計モデリング入門」。とても読みやすくGLMMを勉強するための本として自分にとてもマッチしていました。もう何度も何度も読んでるけど、読むたびに、なるほど!!と勉強した気分に...
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knitrをつかって教材作った

FASTER論文のセミナーを依頼されたのでknitrで講義資料を作ってみた → faster.tutorial.pdf また、オリジナルのRnwファイルもアップしておきます → faster.Rnw ということで、明日、生まれ...
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ggplot2のレジェンドをguidesで少しだけ改造

ggplot2の備忘録。 Rにて数万というサンプルを散布図にするとレジェンドを書き換えたくなることがある。 サンプルデータを用意する。 PNGに保存するときはコメントアウトを外してください。 まずは普通に描画。 ...
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Rとggplotでダブルプロットを作る

めちゃくちゃ久しぶりに備忘録。 Rにてダブルプロット。 ggplot2のgeom_rasterを使ってる。 こんなかんじ。 サンプルデータをかってにつくって、表示してみる。
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rglパッケージで3D散布図&アニメーションをかく

久しぶりに備忘録。少し手を焼いたので。 Rで3D散布図。 rglパッケージは普通にインストール。 まずはデータ読み込み。ggplot2のmsleepデータセットを用いる。 plot3dコマンドで散布図作製。マウス...
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ggplot2でformatterを用いて軸ラベルを整形する

これも備忘録。いつも忘れてしまう。 まずはデフォルトのグラフ表示。 桁数を増やす。 Scientific表示。 組み込みのpercentもある。
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ggplot2でviewportを用いて1枚の画像に複数のplotを配置する

毎回ggplotで複数のグラフを1枚の画像に収めるときに調べてる気がするので備忘録的にアップ。リゲス本を参照。 Source code: Rの基礎とプログラミング技法
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