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イントロ 研究者向けにプロ野球のデータを使ってRとggplot2の使い方を紹介してます。もともとラボメンバーの興味を得るために野球データを使っていますが、打率、左打ち、チームなどの専門用語を適宜生物学的専門用語に脳内変換して眺めてくだ...
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日本プロ野球データを作る(打者・投手)

イントロ 自分のラボの人にRの使い方を説明するのに実験データだけではなく、より身近なデータがあるといいのに、とおもって探し始めてプロ野球データにたどり着きました。果たしてプロ野球データが身近なものであるかという疑問は静かに無視しつつ...
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Rにインストールしてるパッケージ 2

# 2018-01-26 updated

pkgs<-c("tidyverse","MASS","glmmML","extrafont",
 "grid","reshape2","rstan","knitr",
 "scales","Cairo","pdfCluster","methods",
 "statmod","stats","graphics","RCurl",
 "jsonlite","tools","utils","reshape")

for (pkg in pkgs){
 if (!(pkg %in% rownames(installed.packages()))){
 install.packages(pkg, dependencies = TRUE)
 }
}

if ("package:h2o" %in% search()) { detach("package:h2o", unload=TRUE) }
if ("h2o" %in% rownames(installed.packages())) { remove.packages("h2o") }
install.packages("h2o", type="source", 
 repos=(c("http://h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/latest_stable_R")))

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("CAGEr")

library(extrafont)
font_import() # run only once!!
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ggplot2のレジェンドをguidesで少しだけ改造

ggplot2の備忘録。 Rにて数万というサンプルを散布図にするとレジェンドを書き換えたくなることがある。 サンプルデータを用意する。 PNGに保存するときはコメントアウトを外してください。 .df
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Rとggplotでダブルプロットを作る

めちゃくちゃ久しぶりに備忘録。 Rにてダブルプロット。 ggplot2のgeom_rasterを使ってる。 こんなかんじ。 library(ggplot2) .doublePlot
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rglパッケージで3D散布図&アニメーションをかく

久しぶりに備忘録。少し手を焼いたので。 Rで3D散布図。 rglパッケージは普通にインストール。 まずはデータ読み込み。ggplot2のmsleepデータセットを用いる。 library(rgl) data(msleep, package...
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