genshiro

Science

マウスを冬眠様状態に

本日、冬眠しない動物を冬眠様状態にできたという新しい論文がNatureに掲載されました。この研究は筑波大学の櫻井武先生(@TakeshiSakurai)と彼の優秀な学生、高橋徹さんと一緒に行いました。 マウスの脳内にQニューロンとい...
Programming

分布を見る

イントロ 研究者向けにプロ野球のデータを使ってRとggplot2の使い方を紹介してます。もともとラボメンバーの興味を得るために野球データを使っていますが、打率、左打ち、チームなどの専門用語を適宜生物学的専門用語に脳内変換して眺めてくだ...
Programming

日本プロ野球データを作る(打者・投手)

イントロ 自分のラボの人にRの使い方を説明するのに実験データだけではなく、より身近なデータがあるといいのに、とおもって探し始めてプロ野球データにたどり着きました。果たしてプロ野球データが身近なものであるかという疑問は静かに無視しつつ...
Programming

Rにインストールしてるパッケージ 2

# 2018-01-26 updated

pkgs<-c("tidyverse","MASS","glmmML","extrafont",
 "grid","reshape2","rstan","knitr",
 "scales","Cairo","pdfCluster","methods",
 "statmod","stats","graphics","RCurl",
 "jsonlite","tools","utils","reshape")

for (pkg in pkgs){
 if (!(pkg %in% rownames(installed.packages()))){
 install.packages(pkg, dependencies = TRUE)
 }
}

if ("package:h2o" %in% search()) { detach("package:h2o", unload=TRUE) }
if ("h2o" %in% rownames(installed.packages())) { remove.packages("h2o") }
install.packages("h2o", type="source", 
 repos=(c("http://h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/latest_stable_R")))

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("CAGEr")

library(extrafont)
font_import() # run only once!!
Books

Dr.Bonoの生命科学データ解析

オミックスデータの解析を主軸とした共同研究がいくつか走り出したので、生命科学のビッグデータに真正面から向き合う必要が生じました。たまたま1ヶ月前くらいに坊農さんの新しい本が上梓されていて、その内容が今の自分にぴったりすぎて、嬉しくてこの記事を書いてます。読んでよかった。
Science

A list of review articles about hibernation, daily torpor and hypometabolism / 冬眠・休眠・能動的低代謝のレビュー論文リスト /

冬眠・休眠・能動的低代謝に興味のある方にオススメしたいレビュー論文をまとめました。最後の動画は本文とは関係ありませんが、うちのラボで撮影したマウスです。休眠と睡眠の違いを端的に表していると思うのでアップしました。ではでは〜。 Car...
Science

休眠論文がでました。

自分にとって冬眠関連の論文として1報目となる論文が発表されました。Sunagawa, G.A., Takahashi M, 2016.Hypometabolism during Daily Torpor in Mice is Domina...
Science

新たな冬眠霊長類がみつかる

2015年12月3日に発表された次の論文を紹介します。 Scientific Reports 5, Article number: 17392 (2015) doi:10.1038/srep17392 Hibernation in the ...
Books

久保拓弥さんの緑本

4月にラボをうつってから読み始めた久保拓弥さんの「データ解析のための統計モデリング入門」。とても読みやすくGLMMを勉強するための本として自分にとてもマッチしていました。もう何度も何度も読んでるけど、読むたびに、なるほど!!と勉強した気分に...
Science

培養プレートの写真など

申請書を作るときに自分用に自分でとった96穴ウェルと6cmディッシュの写真。ご自由にお使いください〜。 6 cm dish 96-well plate These photosare licensed under a C...
Programming

ggplot2のレジェンドをguidesで少しだけ改造

ggplot2の備忘録。 Rにて数万というサンプルを散布図にするとレジェンドを書き換えたくなることがある。 サンプルデータを用意する。 PNGに保存するときはコメントアウトを外してください。 .df
Programming

Rとggplotでダブルプロットを作る

めちゃくちゃ久しぶりに備忘録。 Rにてダブルプロット。 ggplot2のgeom_rasterを使ってる。 こんなかんじ。 library(ggplot2) .doublePlot
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